在游戏的开头，玩家将会被派往Holland Valley。在这里，主角Deputy会遇到Eden"s Gate的创始人Joseph Seed和他的三个弟弟。主角和战友们在Joseph Seed的困扰中得以逃脱，但反抗冲动激发了Seed家族的注意，这也让主角加入了这场无法回避的战斗。通关此章节后，玩家将会开启独立预言家之路。
在这一章节中，主角将被带往Whitetail Mountains，面临的是一群自由闲游的战斗人员。主角必须与他们合作，并且达到足够的信任值，才能挑战出任意一个Seed家族的弟弟，也可以直接向Jacob Seed挑战。这是游戏中最重要的抉择之一，因为这将会有不同的结局。通关此章节后，玩家将会开启自由之路。
在这个章节中，主角将会前往荒凉城市。并且将面临以John Seed为首的敌人。在这里，主角必须解救被软禁的人民，击败许多Seed家族的成员，通关此章节后，玩家将会开启共生之路。
在游戏的最后一章节中，主角将会前往Joseph Seed为首的景点，贯穿整个游戏的龙头大Boss。主角必须解开Seed家族的破坏，并保证原住民的安全。这将会是决定性的最终战斗。通关此章节后，玩家将进入《孤岛惊魂6》的结束，还会给出不同结局的情节图。
以上就是孤岛惊魂6剧情攻略详解，每个章节玩家都需要面对不同的挑战，探索各种地形，获得最终的胜利。不同的选择将导致不同的结局，让你在回味游戏的同时，还有不同设想。